Ons werk zat er na de periode in het laboratorium in augustus nog lang niet op. De proof of concept was behaald, wat laat zien dat ons project veel potentie heeft. Momenteel zijn wij bezig om ons op te maken voor de Giant Jamboree van iGEM: het bouwen van onze Wiki, een promotievideo, een presentatievideo en de presentatieposter.

Zoals ik al uitlegde in een eerdere blog, hebben de experimenten in het laboratorium ons veelbelovende resultaten gegeven. Om een beter beeld te krijgen van hoe ver we zijn gekomen, zal ik wat meer in detail gaan over ons werk in het laboratorium. Uiteindelijk hebben wij precies één maand in het lab kunnen staan, maar met een stuk minder teamgenoten dan normaal wegens COVID-19 maatregelen.

Onze kit bestaat uit drie stappen: extractie, amplificatie van het genetisch materiaal en detectie (zie blog 2). Omdat we minder tijd en mankracht hadden dan normaal, hebben wij prioriteiten moeten stellen in het labwerk. De extractie van virus DNA of RNA is al uitgebreid onderzocht en in de literatuur beschreven en er zijn ook al meerdere extractiekits op zichzelf beschikbaar. Omdat deze stap dus het minst moeilijk en complex is, hebben wij ervoor gekozen deze over te slaan in het laboratorium om tijd te besparen.

Op biotechnologie.nl bloggen vijf Nederlandse teams over hun deelname aan de iGEM competitie. Lees hier meer

Wij legden de focus dus op de amplificatie- en detectiestap. De reacties die wij gebruiken zijn al eerder omschreven in literatuur, dus het was zaak om deze eerst werkend te krijgen in ons eigen lab, wat vaak niet altijd zo soepel gaat als het klinkt. Daarom hadden we hiervoor genoeg tijd voor ingepland. Gelukkig lukte het ons uiteindelijk wel vrij snel om de reactiestappen op zichzelf werkend en op gang te krijgen, wat een meevaller was.

De volgende stap was om de reacties aan elkaar te koppelen en in één buisje plaats te laten vinden. De reacties zullen immers in de kit ook in één ‘doosje’ plaatsvinden. Hier liepen wij helaas wel tegen een obstakel aan, namelijk dat er geen kleuromslag, ofwel detectie meer plaatsvond. Wij vermoedden dat dit het gevolg was van stofjes uit de eerste reactie een remmende werking hadden op de tweede reactie. Door te spelen met reactiecondities (bijvoorbeeld verschillende temperaturen), lukte het ons toch om de reacties goed achter elkaar uit te voeren. Dit betekende dat onze ‘proof of concept’ gelukt was en ons project dus veel potentie heeft.

Op dit moment zijn we inmiddels een maand verder na onze laatste dag in het lab. Omdat de Giant Jamboree al plaatsvindt in november, zijn we hard aan het werk om alle laatste dingen in orde te krijgen. Dit is soms lastig, omdat ook iedereen weer begonnen is aan het nieuwe collegejaar. Toch vinden de meeste teamgenoten de tijd om naast hun studie ook nog te werken aan iGEM.

Ieder jaar bouwen alle iGEM-teams een eigen website, de Wiki. Op onze Wiki kun je straks alle informatie van ons project vinden, zoals de uitgevoerde experimenten, onze Human Practices, wie onze teamgenoten zijn en nog veel meer. Deze website wordt geprogrammeerd door onze ‘Programming Manager’, Kelly van Strien. Zij weet van alles over coderen met HTML, CCS en Javascript. Van te voren hebben alle teamgenoten de Wiki pagina’s al uitgeschreven, die nu worden samengebundeld tot één geheel. Het is ontzettend veel werk om alles bij elkaar te krijgen, maar het is tegelijkertijd prachtig om alles van ons project samen te zien komen op één plekje.

De iGEM-organisatie ‘bevriest’ de websites van alle teams op 27 oktober. Dit heet de Wiki Freeze en vanaf dat moment kunnen websites niet meer bewerkt worden tot na de wedstrijd. De Wiki is één van de hoofdpunten waar de jury naar zal kijken en ook zijn er specifieke prijzen voor te behalen.

Naast de Wiki, zijn wij ook bezig met de presentatie en poster van ons project. Eerder hebben wij onze promotievideo ingeleverd, een korte trailer van twee minuten waarin het iGEM project wordt geïntroduceerd. Ook de presentatie zal dit jaar in de vorm van een video zijn, die ongeveer twintig minuten duurt. Als laatst maken wij ook een poster om te presenteren. Deze zal qua concept niet veel verschillen van afgelopen jaren, behalve dat deze niet in Boston, maar online gepresenteerd zal worden, omdat de Jamboree volledige digitaal is. Al met al zijn we dus ontzettend druk met de laatste taken voor ons iGEM project. We zijn benieuwd naar de projecten van andere teams en erg nieuwsgierig naar de prijzen die we (hopelijk) gaan halen. Wij hebben in ieder geval ontzettend veel zin in de Giant Jamboree van november.